Tlaxcala cuenta con 2 mil 711 especies detectadas y registradas en el Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad en México (SNIB). El mayor número de especies registradas corresponden al maíz, con mil 228 variaciones y que geográficamente se ubican en todo el territorio local.
Sin embargo, el lince americano localizado en el municipio de Tlaxcala y cuyo registro se realizó en 2011 está dentro de la lista de animales en riesgo por comercio internacional y caza, lo que alerta sobre el riesgo de extinción.
De acuerdo con la última actualización de la plataforma digital “Enciclovida” de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio), en Tlaxcala el mayor número de especies registradas, después de la variaciones del maíz, son el ratón norteamericano, el ratón orejas negras y el mosquetero cardenal. De este modo, se advierte que las especies con mayor número de registros son las silvestres, en segundo lugar los mamíferos y en tercer lugar las aves.
Sin embargo, los hongos y los reptiles ocupan un lugar especial. Aunque el número de especies es reducido destacan por su importancia estética: amarillos, rojos, azules con formas de sombrilla, en conos y rocas igneas, acuáticos y en filamentos.
Entre estos destacan el hongo matamoscas, la Roya agalladora y el hongo ardilla, lo que fortalece la tradición homeópata y culinaria basada en los hongos.
Con respecto a los reptiles, el registro destaca 40 especies, entre estas se encuentra la lagartija espinosa, la lagartija espinosa café y la culebra terrestre. El lagarto alacante es una especie de dragón de Comodo pequeño que habita en barrancas y cerca de cascadas. Serpientes cascabel abundan en la Malinche con más de 17 variaciones.
Por grupos taxonómicos, hay 80 especies de mamíferos que van de las liebres a los murciélagos, los tlacuaches, mapaches, musarañas, zorrillos, armadillos y linces americanos, especie ubicada principalmente en Tlaxco en 2011 y que está en la lista de animales en riesgo por comercio ilegal internacional.
También hay registro de 314 especies de aves, 40 especies de reptiles, 24 especies de anfibios, 14 especies de peces, 24 especies de arácnidos, 393 especies de insectos; además, se han registrado mil 372 especies de magnolias y margaritas, 378 especies de pastor y palmeras, 18 de coníferas y 45 de helechos.
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